En écrivant Science’s Blind Spot, le bio-informaticien et essayiste américain Cornelius G. Hunter propose une thèse soigneusement argumentée selon laquelle la science moderne n’est pas simplement une méthode empirique neutre décrivant le monde naturel, mais repose sur une hypothèse métaphysique largement invisible appelée naturalisme scientifique. Ce naturalisme n’est pas une conclusion issue de l’expérience mais une condition préalable imposée à la recherche elle-même. Dès la préface, l’auteur affirme que la science contemporaine est structurée par un mouvement intellectuel « immense par son influence mais largement inconnu même des scientifiques eux-mêmes », car ses présupposés sont devenus si évidents qu’ils ne sont plus interrogés. Il rappelle avec Alfred North Whitehead que certaines hypothèses sont invisibles précisément parce qu’elles paraissent évidentes au point de ne jamais être formulées explicitement.
Le point central du livre consiste à montrer que la science moderne n’a pas simplement éliminé la théologie mais qu’elle a hérité d’une théologie particulière qui impose une règle implicite à la recherche scientifique à savoir que toute explication doit être naturaliste. Hunter appelle cette position le naturalisme théologique et insiste sur le fait qu’elle ne provient ni de l’athéisme ni de l’expérimentation mais d’une tradition religieuse interne à la culture occidentale. Il écrit explicitement que « la règle fondamentale est que les explications scientifiques doivent être purement naturalistes », règle qu’il considère comme une prescription métaphysique et non comme une conclusion empirique.
Pour comprendre cette situation il faut revenir, selon Hunter, à la naissance de la science moderne aux XVIIe et XVIIIe siècles. Contrairement au récit habituel selon lequel la science aurait progressivement éliminé les influences religieuses il montre que ce sont au contraire des arguments théologiques qui ont imposé l’idée d’un univers fonctionnant exclusivement selon des lois naturelles. Cette transformation n’est pas due à l’athéisme mais à la conviction religieuse que Dieu devait être conçu comme un créateur parfait qui n’intervient pas continuellement dans sa création. Thomas Burnet par exemple affirmait qu’un horloger plus habile est celui qui construit une horloge fonctionnant seule plutôt qu’une horloge nécessitant des interventions constantes. Cette analogie illustre une idée fondamentale selon laquelle un Dieu parfait devait produire un monde autonome et auto-suffisant.
Hunter montre que cette intuition théologique a joué un rôle décisif dans la formation de la géologie moderne et de la cosmologie. Des penseurs comme Leibniz soutenaient que l’hypothèse d’interventions divines régulières impliquait une imperfection du créateur. De même, Kant affirmait que la sagesse divine se manifeste davantage dans un univers capable de « se développer par lui-même selon des lois universelles » que dans un monde nécessitant des corrections constantes. Ainsi le naturalisme scientifique apparaît non comme une découverte expérimentale mais comme une exigence théologique visant à défendre la perfection divine.
Ce mouvement est renforcé par la théologie rationaliste et le déisme qui cherchent à réduire la religion à ce qui peut être déduit de la nature elle-même. Dans cette perspective, la révélation historique devient suspecte et la connaissance de Dieu doit être accessible à tous les hommes indépendamment des Écritures. Matthew Tindal affirmait ainsi que le christianisme devait être « aussi ancien que la création » ce qui impliquait que la nature elle-même constitue la véritable révélation universelle. Hunter montre que cette position impose logiquement un univers entièrement explicable par des lois naturelles puisqu’il doit servir de base à la connaissance religieuse elle-même.
Un autre moteur puissant du naturalisme scientifique est selon Hunter le problème du mal. Les théologiens cherchant à concilier la bonté divine avec la présence du mal dans le monde ont été conduits à attribuer de nombreux phénomènes naturels non pas à l’action directe de Dieu mais à des processus autonomes de la nature. David Hume insiste par exemple sur le fait que la nature apparaît comme un « champ de guerre permanent entre les êtres vivants » ce qui rend difficile l’attribution directe de ses détails à un créateur bienveillant. Dans cette perspective les imperfections biologiques deviennent un argument en faveur de processus naturels indépendants plutôt que d’une création immédiate.
Hunter montre que cette logique est encore active aujourd’hui dans la biologie évolutionniste. Francisco Ayala affirme ainsi qu’attribuer directement les défauts anatomiques à Dieu serait blasphématoire car « il y a trop de cruauté dans le monde vivant pour supposer qu’elle ait été créée directement par Dieu ». De même Ken Miller demande ironiquement si Dieu voudrait vraiment être responsable de la création du moustique. Ces arguments ne sont pas scientifiques mais théologiques puisqu’ils reposent sur une conception particulière de ce que Dieu devrait ou ne devrait pas faire.
Un autre facteur majeur du naturalisme scientifique est la critique des miracles. Des penseurs comme Peter Annet affirmaient que la résurrection du Christ devait être rejetée car elle contredisait l’uniformité supposée des lois naturelles. L’argument n’était pas empirique mais théologique puisqu'il reposait sur l’idée qu’un Dieu parfait ne modifie pas ses propres lois. Hunter cite cette logique circulaire selon laquelle « nous savons par expérience que tous les hommes meurent et ne reviennent pas à la vie » et donc qu’une résurrection est impossible. Ce raisonnement suppose précisément ce qu’il prétend démontrer à savoir l’universalité absolue des lois naturelles.
Hunter insiste sur le fait que ces arguments ont progressivement transformé le naturalisme en principe scientifique universel au XIXe siècle. Le professeur Baden Powell affirmait ainsi que la constance des causes naturelles constitue « une loi fondamentale de la croyance » sur laquelle repose toute la géologie rationnelle. Joseph Le Conte allait encore plus loin en déclarant que douter de l’origine naturelle des formes vivantes reviendrait à douter de la validité de la raison elle-même. Dans cette perspective le naturalisme cesse d’être une hypothèse pour devenir un axiome.
Le livre examine ensuite les conséquences méthodologiques de cette transformation en distinguant soigneusement les sciences expérimentales et les sciences historiques. Dans les sciences expérimentales les hypothèses peuvent être testées directement et corrigées par l’observation répétée. En revanche, dans les sciences historiques comme la cosmologie ou la biologie évolutive, les événements étudiés ne sont pas observables directement et doivent être reconstruits par inférence. Hunter souligne que ces disciplines reposent nécessairement sur des hypothèses supplémentaires concernant la continuité des processus naturels à travers le temps.
Il donne l’exemple de la loi de biogenèse selon laquelle toute vie provient d’une vie préexistante. Cette loi fonctionne parfaitement dans le laboratoire mais elle doit être suspendue lorsqu’il s’agit d’expliquer l’origine de la première vie. De même l’augmentation de l’entropie implique qu’un ordre initial devait exister avant de diminuer. Ces exemples montrent selon Hunter que certaines lois scientifiques sont appliquées sélectivement selon le cadre interprétatif adopté.
Hunter illustre cette difficulté par une analogie célèbre : celle du mont Rushmore. Si un observateur extraterrestre découvrait les visages sculptés dans la roche et supposait qu’ils résultent uniquement de l’érosion naturelle, il pourrait construire une théorie complexe pour expliquer leur formation, mais cette théorie serait fausse car elle ignorerait l’action humaine. De la même manière, explique Hunter, le naturalisme scientifique peut produire des scénarios plausibles sans être nécessairement corrects.
Cette situation conduit à ce que l’auteur appelle l’angle mort de la science moderne. Si un phénomène possède une cause non naturaliste, la méthode scientifique actuelle ne dispose d’aucun moyen pour le détecter puisque seules les causes naturalistes sont autorisées. Hunter écrit ainsi que « la science n’a aucun mécanisme pour détecter la possibilité de phénomènes non naturalistes ». Cette limitation méthodologique signifie que certaines explications peuvent être acceptées non parce qu’elles sont démontrées mais parce qu’elles sont les seules autorisées.
L’exemple central proposé par Hunter est celui de l’information génétique. Il demande au lecteur d’imaginer qu’un code universel soit présent dans tous les organismes vivants et qu’un système complexe permette de lire ce code et d’exécuter ses instructions. Même si aucune explication naturaliste satisfaisante n’était trouvée pour l’origine de ce système la science continuerait à chercher une solution naturaliste parce qu’elle n’envisage pas d’autres types de causes. Cette situation illustre selon lui le fonctionnement concret de l’angle mort méthodologique.
Hunter insiste néanmoins sur le fait que son analyse ne constitue pas une attaque contre la science elle-même. Il reconnaît les succès extraordinaires de la méthode expérimentale et affirme qu’il serait « difficile de documenter toutes les manières dont la science a amélioré notre vie ». Son objectif n’est pas de rejeter la science, mais de mettre en évidence ses présupposés philosophiques afin de permettre une réflexion plus lucide sur ses limites.
Le livre se conclut par une réflexion sur les conséquences culturelles du naturalisme scientifique. Hunter affirme que ce cadre interprétatif influence non seulement la recherche scientifique mais aussi la théologie, la politique et la vision du monde contemporaine. Il souligne que beaucoup considèrent aujourd’hui que la science confirme l’absence d’intervention divine alors qu’en réalité cette conclusion découle d’une hypothèse préalable intégrée à la méthode scientifique elle-même. Ainsi ce que beaucoup prennent pour une découverte empirique est en réalité le résultat d’un choix philosophique hérité d'une certaine théologie moderne.
